水田の表層数cmにできる、文字どおりトロトロの粒子の細かい泥の層。米ヌカなどの有機物が水田の表面・表層に集中して入ると土ごと発酵が起こり、微生物や小動物（イトミミズ）が増殖・活性化してトロトロ層が形成される。土壌の粒子が粉々に細かくなるだけでなく、土壌中のミネラル成分、肥料成分が溶け出して、イネや微生物に利用されやすい状態になっ…